Cheat sheet 1.1 for Emacs

I added a couple of minor new things to my (old) Emacs cheat-sheet, and cleared up a couple of old things. Just thought I’d share it, hope someone finds it usefull.

You’ll find the updated version here. Enjoy! 🙂

Posted in News | Leave a comment

Update: Installing R and XCMS (OpenSuse11.2)

(*14.Dec.’09: Minor update, see point 3 at the bottom about installing “multtest”).

I recently switched from KUbuntu to OpenSuse, and had to install R and XCMS again. And again, it proved difficult.

1) R is easily installed from the links to the one-click-install packages on the R-Project web page, or one of their mirrors. (I used the one from the University of Bergen, but you should be able to find the same packages under any of the mirror-sites listed at http://cran.r-project.org/mirrors.html ). Just look for section 1.1: “Directly installing R from this page (preferred)”.

2) Now, for the XCMS packages. This proved more difficult, but it worked in the end. What to try:

.a) INSTALLING XCMS FROM R:
Start R, and run the following commands in it (Note, if this does not complete successfully, don’t worry, we’ll get to that):

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("xcms")

(source/for more info: see the bioconductor.org page for xcms)

You MAY have everything you need, and it MAY work out fine (if so, you can jump to point 3), or you may like me, need to get some extra libraries such as NetCDF and zlib for the install to work.

.b) INSTALLING NetCDF:
Get NetCDF from here (Direct link to the gzipped tar-file).
Download that, place it in a directory, and run the following commands in the console to install it:

tar -xzf netcdf-4.0.1.tar.gz
cd netcdf-4.0.1
#"--prefix..." is optional # (installs in a
# directory other than the current):
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install

This may work for you. If so, attempt to install XCMS from within R again. I was missing the programs to compile the code, and to run “make” and “make install” here, on my brand new installation. If you’re in the same situation, install the needed programs as follows:

.c) Installing GCC and MAKE:
Run the following commands in the console:

# Installs the Gnu C Compiler
sudo zypper install gcc
# Installs the "make"-utility
sudo zypper install make
sudo zypper install gcc-c++

There. Now you should repeat point 2(b) again, and then 2(a). I was missing zlib too, so the installation still would not complete.

.d) Getting and installing zlib-devel:
You can find zlib in the the OpenSuse build service, BUT what you want for this to work is the DEVEL-version, so search for the packages “zlib-devel”, and use what corresponds to your system. This package (direct link) worked for me (zlib-devel-1.2.3-140.2.i586.rpm for OpenSuse 11.2).

Now run point (2.a) again, and XCMS should be installed.

3) Xcms should now be installed. You can check that it is available for loading into R with the command:

library(xcms)

If you just get a blank new line with a “>”, and no error, Great. Congratulations, xcms is now loaded into R.

You can get a good introductory example to using XCMS here (pdf). NOTE: To run the example, you need the datasets from faahKO, which can be installed directly from within R like this:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("faahKO")

*UPDATE: You will also need the R-package “multtest” to run the example. Some info about it is provided here, or you can simply install it directly in R like this:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("multtest")

Hope this was helpful to someone out there! 🙂

Posted in Science & tech, Tips | Tagged , , , , , , , , , , , | 1 Comment

Cheat sheet for Emacs

I just made my own minimalistic cheat-sheet for Emacs, with only the most basic and absolutely-necessary commands. The goal was simply to get all the most basic commands up on one page.

Feel free to download and use it yourself! (The format is PDF).

Posted in Science & tech, Tips | Tagged , , , , , , , , , | 1 Comment

Changing the kickoff app launcher

Just a quick tip for KDE; Reorganizing and changing the order of applications in the K-menu is trivial. I didn’t realize this until just now, but you can right-click on the menu itself (on the “K”), and choose “Menu Editor”. That will let you rearrange your menus by “drag & drop”. Simple as that!

Posted in Tips | Tagged | Leave a comment

Rebooting frozen (k)ubuntu softly: ALT + PrintScrn + REISUB

I run the latest version of Ubuntu Linux with the KDE Desktop environment (that is KUbuntu, really) on my Dell Inspiron laptop, and most of the time, I’m very happy with it. There is one major problem however: Now and then, the whole system freezes for no apparent reason. This is bad for several reasons, such as the risk of loosing data, the sheer annoyance and wasted time, and the fact that I’m now facing some of the same problems with Linux that I used to face with windows several years ago (Remember the infamous “blue screen of death”?). Also, rebooting by cutting the power (that is, turning the PC off and on again) is probably not very good for the hardware or the system. There is, after all, a reason why it usually takes a few seconds to shut it down.

For that last problem at least, here is a useful tip:
Holding down and while entering the letters R, E, I, S, U and B will shut down the system more carefully, and reboot. I don’t remember exactly what each character stands for, but the last one was supposedly “boot”. I believe the others turn off other processes first, so the reboot is as soft as possible.

So that’s it: Alt + PrntScrrn + “REISUB”. I’m hoping this won’t be needed for too long, and that system updates will fix these issues soon. Otherwise, I just might have to go looking for a different distro, because this is not acceptable in the long run.

Posted in News, Science & tech, Tips | Tagged , , , , , , , , , , | 7 Comments

R and XCMS in Kubuntu

(*Note: A new version of this post following my switch from Ubunto to OpenSuse can be found here).

For my thesis, I will be using the statistics environment and programming language “R” (r-project.org), and XCMS, which is a framework for mass spectra analysis. I had some trouble getting XCMS running. Hopefully, this will save someone some trouble:

On the webpage where you can download XCMS , it simply states:

To install this package, start R and enter:
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“xcms”)

You can try that, but it did not work in my case, anyway (This might just have been due to dependencies, and might have worked after the first step below, I don’t think I tested that). In any case, this is how I eventually did get it to work:
(Note: This assumes R is already installed and working. That part should go without a hitch, using e.g. the Adept installer, as the R packages are in the Ubuntu repos).

  1. First, get the NETcdf-library from here.
    Install it as follows :


    tar -xzf netcdf.tar.gz
    #Replace * with version number here:
    cd netcdf-*
    #"--prefix..." is optional # (installs in a
    # directory other than the current):
    ./configure --prefix=/usr/local
    make
    sudo make install

  2. Now start R. To select a download-site near you, enter:
    chooseCRANmirror()
  3. To choose from a list of repositories, enter the following and select “BioC Software” in addition to the standard “CRAN”:
    setRepositories()
  4. You should now be able to find and download XCMS. To install it, enter:
    install.packages("xcms")

That should do it! To check that you can access it, enter the following in R:

library(xcms)
search()

You should now see “package:xcms” somewhere in the list of active packages.

Hope this is useful to someone! 🙂

Posted in Science & tech | Leave a comment

Inntrykk etter første debatt (Norwegian)

Her er en liten oppsummering av mitt inntrykk etter den første partilederdebatten jeg har fulgt med på i år:

Venstre og Lars Sponheim: Jeg har alltid likt partiet, og vurderer å stemme på dem igjen (om jeg da ikke velger å støtte venstresiden, bare for hindre FrP). Sponheim klarer seg som alltid bra; Han holder fokus på saken, og har fornuftige meninger om alt fra økonomi, bedrifter og næringsliv, til skole og utdanning, og hvordan al dette skal henge sammen. De fleste ser ut til å være mer eller mindre enige med ham – men dog – Venstre er jo “lettvekteren”, som ikke vil delta i regjering med hverken FrP eller venstresiden, så hvem bryr seg vel da egentlig om hva Sponheim måtte mene? Venstre fremstår som det mest fornuftige partiet på Høyresiden, men faller likevel litt i bakgrunnen, mellom de to store blokkene.

Høyre: Erna Solberg har et stort problem: Hun sitter mellom barken og veden, ved at hun ikke kan trekke tilbake tilbudet om samarbeid med FrP, men heller ikke ønsker å bli fremstilt som en uansvarlig sløser, slik de fleste (alle?) andre partier ganske vellykket maler FrP. Prat om skattelette og økt kvalitet i skolen samtidig er muligens gjenomførbart, men troverdigheten synker dramatisk når man er på lag med FrP. I debatten virket Erna Solberg svak og vinglete, som om smertelig klar over at samarbeidet som skulle sikre regjeringsplass i stedet er blitt en akilleshæl for Høyres troverdighet.

SV og AP: De rødgrønne (Senterpartiet var ikke representert) sitter godt, til tross for harde angrep om nærings-fiendtlig politikk og for slapp satsing på kvalitet i skolen, blandt annet. Faktum er at Norge går rimelig greit, til tross for litt trangere kår i økonomien. Såvidt jeg vet har krisehåndteringen til den sittende regjering slett ikke vært så værst.

Man kommer selvsagt ikke utenom det SV har fått til med hensyn til barnehageplasser. Man ser hvor oppriktig engasjert Kristin Halvorsen er på dette området, og generelt på skole og utdanning. Det er ikke nok i seg selv, men det hjelper på. Høyre og Venstre har selvsagt rett når de sier at bedre kår for næringslivet er viktig for å øke verdiskapningen, men Halvorsen har et godt svar: Det er de fremtidige arbeidstakerne som er den største resursen, og svart-hvitmalingen av “næringsliv som produsent” og “stat som forbruker” er litt for simpel. Den beste måten å øke velferden og senke utgifter på sikt er ikke skattelette, men å sørge for å løfte opp de som sliter mest i samfunnet, noe som må starte fra bunnen (barnehager og oppover altså) for å fungere – altså bedre skole, fra så tidlig som mulig (Se f.eks. denne Newsweekartikkelen for noen interesante tanker om dette). Om SV har alle de rette svarene her vet jeg ikke, men jeg stoler mer på dem med sindige AP som storebror, enn på et eksperimentelt FrP med Høyre som lillebror. SV har i det minste gjort en god innsats for barnehageplasser. Å forbedre skolen blir ikke lett, og gjøres ikke i en håndvending, men jeg heller mot å gi dem en periode til for å forsøke med resten av skolen også. Barna fortjener rett og slett en ildsjel som Kristin Halvorsen. Og næringslivet? Jeg tror nok ikke Norge går konkurs på fire år, rød-grønn regjering til tross. Gi oss heller en mer nærings-vennlig sentrum-/høyre-regjering i 2013!

Så var det Fremskrittspartiet: Som de fleste sikkert har fått med seg, seiler Siv Jensen i sterk medvind om dagen. I dag gjorde hun klokt i å sitte relativt stille, og holde inne den til tider hysteriske og høyfrekvente kranglingen vi av og til har sett tidligere. Jeg må innrømme at jeg ble litt overrasket og imponert. Jeg hadde faktisk ventet en mer aggresiv holdning fra henne. Likevel klarte hun ikke å svare helt tilfredsstillende på spørsmålet om hvordan FrP alltid har råd til så mye mer enn alle andre. Usikkerheten rundt FrP henger liksom fremdeles der i luften; er de ansvarlige nok til dette? (Kan det virkelig stemme, at nesten 1/3 av det norske folk er villige til å ta sjangsen på å la disse folka styre landet?). Jeg merket meg at Erna Solberg heller ikke var spesielt flink til å forsvare sin potensielle regjeringspartner, og at hun og Høyre hverken ville gå god for ansvarligheten av FrP sine økonomiske planer, eller vise til hva som måtte kuttes ut fra Høyres planer om FrP skulle få det som de ville. Hun så i det hele tatt litt ukomfortabel ut.

Jeg tror det har gått opp for Siv Jensen, at selv om FrP seiler i medvind, så er det mange som får vondt i magen ved tanken på henne som Statsminister, og at hun derfor prøver ekstra hardt å opptre som en rolig, fornuftig og sindig leder. Riktignok kommer det seg (hun var mindre irriterende å se og høre på i dag enn på lenge), men det er fremdeles noe som skurrer. Jeg tror aldri hun kommer til å kunne fremstå med samme myndighet og verdighet som for eksempel den sittende statsministeren, eller for eksempel utenriksministeren, Jonas Gahr Støre. Både Kristin Halvorsen og Erna Solberg fremstår for meg, på hver sin måte, som mer seriøse og troverdige enn Siv Jensen. Det høres kanskje overfladisk ut, men jeg mener faktisk dette er et reelt problem: Jeg vil ha en leder og representant for Norge (både i forhold til innland og utland) som blir respektert for sin myndighet, verdighet, og klarhet. Prøver jeg å se for meg Siv i en slik rolle, ja da får jeg også vondt i magen.

Posted in News, Politics and more | Leave a comment