R and XCMS in Kubuntu

31. August, 2009 by kjartanl

For my thesis, I will be using the statistics environment and programming language “R” (r-project.org), and XCMS, which is a framework for mass spectra analysis. I had some trouble getting XCMS running. Hopefully, this will save someone some trouble:

On the webpage where you can download XCMS , it simply states:

To install this package, start R and enter:
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“xcms”)

You can try that, but it did not work in my case, anyway (This might just have been due to dependencies, and might have worked after the first step below, I don’t think I tested that). In any case, this is how I eventually did get it to work:
(Note: This assumes R is already installed and working. That part should go without a hitch, using e.g. the Adept installer, as the R packages are in the Ubuntu repos).

  1. First, get the NETcdf-library from here.
    Install it as follows :


    tar -xzf netcdf.tar.gz
    #Replace * with version number here:
    cd netcdf-*
    #"--prefix..." is optional # (installs in a
    # directory other than the current):
    ./configure --prefix=/usr/local
    make
    sudo make install

  2. Now start R. To select a download-site near you, enter:
    chooseCRANmirror()
  3. To choose from a list of repositories, enter the following and select “BioC Software” in addition to the standard “CRAN”:
    setRepositories()
  4. You should now be able to find and download XCMS. To install it, enter:
    install.packages("xcms")

That should do it! To check that you can access it, enter the following in R:

library(xcms)
search()

You should now see “package:xcms” somewhere in the list of active packages.

Hope this is useful to someone! :)

Inntrykk etter første debatt (Norwegian)

17. August, 2009 by kjartanl

Her er en liten oppsummering av mitt inntrykk etter den første partilederdebatten jeg har fulgt med på i år:

Venstre og Lars Sponheim: Jeg har alltid likt partiet, og vurderer å stemme på dem igjen (om jeg da ikke velger å støtte venstresiden, bare for hindre FrP). Sponheim klarer seg som alltid bra; Han holder fokus på saken, og har fornuftige meninger om alt fra økonomi, bedrifter og næringsliv, til skole og utdanning, og hvordan al dette skal henge sammen. De fleste ser ut til å være mer eller mindre enige med ham – men dog – Venstre er jo “lettvekteren”, som ikke vil delta i regjering med hverken FrP eller venstresiden, så hvem bryr seg vel da egentlig om hva Sponheim måtte mene? Venstre fremstår som det mest fornuftige partiet på Høyresiden, men faller likevel litt i bakgrunnen, mellom de to store blokkene.

Høyre: Erna Solberg har et stort problem: Hun sitter mellom barken og veden, ved at hun ikke kan trekke tilbake tilbudet om samarbeid med FrP, men heller ikke ønsker å bli fremstilt som en uansvarlig sløser, slik de fleste (alle?) andre partier ganske vellykket maler FrP. Prat om skattelette og økt kvalitet i skolen samtidig er muligens gjenomførbart, men troverdigheten synker dramatisk når man er på lag med FrP. I debatten virket Erna Solberg svak og vinglete, som om smertelig klar over at samarbeidet som skulle sikre regjeringsplass i stedet er blitt en akilleshæl for Høyres troverdighet.

SV og AP: De rødgrønne (Senterpartiet var ikke representert) sitter godt, til tross for harde angrep om nærings-fiendtlig politikk og for slapp satsing på kvalitet i skolen, blandt annet. Faktum er at Norge går rimelig greit, til tross for litt trangere kår i økonomien. Såvidt jeg vet har krisehåndteringen til den sittende regjering slett ikke vært så værst.

Man kommer selvsagt ikke utenom det SV har fått til med hensyn til barnehageplasser. Man ser hvor oppriktig engasjert Kristin Halvorsen er på dette området, og generelt på skole og utdanning. Det er ikke nok i seg selv, men det hjelper på. Høyre og Venstre har selvsagt rett når de sier at bedre kår for næringslivet er viktig for å øke verdiskapningen, men Halvorsen har et godt svar: Det er de fremtidige arbeidstakerne som er den største resursen, og svart-hvitmalingen av “næringsliv som produsent” og “stat som forbruker” er litt for simpel. Den beste måten å øke velferden og senke utgifter på sikt er ikke skattelette, men å sørge for å løfte opp de som sliter mest i samfunnet, noe som må starte fra bunnen (barnehager og oppover altså) for å fungere – altså bedre skole, fra så tidlig som mulig (Se f.eks. denne Newsweekartikkelen for noen interesante tanker om dette). Om SV har alle de rette svarene her vet jeg ikke, men jeg stoler mer på dem med sindige AP som storebror, enn på et eksperimentelt FrP med Høyre som lillebror. SV har i det minste gjort en god innsats for barnehageplasser. Å forbedre skolen blir ikke lett, og gjøres ikke i en håndvending, men jeg heller mot å gi dem en periode til for å forsøke med resten av skolen også. Barna fortjener rett og slett en ildsjel som Kristin Halvorsen. Og næringslivet? Jeg tror nok ikke Norge går konkurs på fire år, rød-grønn regjering til tross. Gi oss heller en mer nærings-vennlig sentrum-/høyre-regjering i 2013!

Så var det Fremskrittspartiet: Som de fleste sikkert har fått med seg, seiler Siv Jensen i sterk medvind om dagen. I dag gjorde hun klokt i å sitte relativt stille, og holde inne den til tider hysteriske og høyfrekvente kranglingen vi av og til har sett tidligere. Jeg må innrømme at jeg ble litt overrasket og imponert. Jeg hadde faktisk ventet en mer aggresiv holdning fra henne. Likevel klarte hun ikke å svare helt tilfredsstillende på spørsmålet om hvordan FrP alltid har råd til så mye mer enn alle andre. Usikkerheten rundt FrP henger liksom fremdeles der i luften; er de ansvarlige nok til dette? (Kan det virkelig stemme, at nesten 1/3 av det norske folk er villige til å ta sjangsen på å la disse folka styre landet?). Jeg merket meg at Erna Solberg heller ikke var spesielt flink til å forsvare sin potensielle regjeringspartner, og at hun og Høyre hverken ville gå god for ansvarligheten av FrP sine økonomiske planer, eller vise til hva som måtte kuttes ut fra Høyres planer om FrP skulle få det som de ville. Hun så i det hele tatt litt ukomfortabel ut.

Jeg tror det har gått opp for Siv Jensen, at selv om FrP seiler i medvind, så er det mange som får vondt i magen ved tanken på henne som Statsminister, og at hun derfor prøver ekstra hardt å opptre som en rolig, fornuftig og sindig leder. Riktignok kommer det seg (hun var mindre irriterende å se og høre på i dag enn på lenge), men det er fremdeles noe som skurrer. Jeg tror aldri hun kommer til å kunne fremstå med samme myndighet og verdighet som for eksempel den sittende statsministeren, eller for eksempel utenriksministeren, Jonas Gahr Støre. Både Kristin Halvorsen og Erna Solberg fremstår for meg, på hver sin måte, som mer seriøse og troverdige enn Siv Jensen. Det høres kanskje overfladisk ut, men jeg mener faktisk dette er et reelt problem: Jeg vil ha en leder og representant for Norge (både i forhold til innland og utland) som blir respektert for sin myndighet, verdighet, og klarhet. Prøver jeg å se for meg Siv i en slik rolle, ja da får jeg også vondt i magen.

The Doors, live on spotify

20. February, 2009 by kjartanl

I just started using spotify (spotify.com), and it realy does rock. It’s a perfecly nice and clean way to listen to whatever you want over the Internet. Well – almost whatever you want – I could not find any music by Les Cowboys Fringants, a band from Canada Quebec that sing in french, and incidentally, one of my favourite bands. Hopefully, their music will show up there soon though.

Anyway another one of my favourite bands is The Doors, and this is pretty cool: In addition to their “normal” records, there are a bunch of rocords from concerts, rehearsals, and other kinds of live stuff. Impressive.

Another cool feature is the inclusion under artist-profiles of records featuring as little as a single song by them. Under the page featuring Guns ‘N’ Roses for example, if you scroll down to the section “Appears on”, you can find, among other things, a medley of GNR-songs played on piano by some guy called Robbie Gennet (who??), and the soundtrack to “Interview with a vampire”, which includes the Rolling Stones-cover “Sympathy for the Devil” (“Sympathy” was not on any of the old GNR-albums, though it was released as the last track on “Greatest Hits” in 2004).

In short: I love this “Appears on”-feature, since it makes it easy to find stuff you might be less likely to come across otherwise.

-Oh, and a sidenote: You wanna see a really impressive “CV”? Check out the list of records under Bob Marley’s profile.